Isidoro se mantuvo barriendo los Estados de Yucatán y Campeche por cerca de 35 horas, 14 con fuerza de huracán y 21 horas como tormenta tropical, a esto se debe la gran devastación que causó debido a su lento y errático movimiento.

En Yucatán 70 de sus 106 municipios fueron decretados Zonas de Desastre, en el vecino Estado de Campeche 7 de sus 11 municipios fueron decretados Zonas de Desastre incluida la capital donde se reportó la Destrucción del Malecón y severas inundaciones en un tramo de la Carretera Federal México 180 a la altura entre Hampolól y Tenabo
El huracán Isidoro siguió su trayectoria, luego de afectar a varios países, rumbo predominante hacia el Noroeste y posteriormente hacia el Oeste, y después de haber afectado fuertemente la parte occidental de Cuba, el día 21 por la mañana, se localizó en la parte media del canal de Yucatán, donde alcanzó la categoría 3, a una distancia de 120 km al este-noreste de Cabo Catoche, con vientos máximos sostenidos de 185 km/h, rachas de 220 km/h y presión mínima de 955 hPa.

Durante el resto del día 21 y parte del día 22, el huracán Isidoro mantuvo una trayectoria con rumbo hacia el Oeste, desplazándose lentamente en forma paralela a la costa Norte de la península de Yucatán, cubriendo con sus bandas nubosas la región Sureste de México.
El día 22 de septiembre a las 17 (hora local), se detectó con las imágenes del radar meteorológico de Cancún, que la muralla que rodeaba al ojo del huracán golpeaba la costa norte de Yucatán.
Posteriormente, el ojo del huracán Isidoro impactó sobre tierra firme, en Telchac Puerto, aproximadamente a 45 km al este de Progreso, e Ixil con vientos máximos sostenidos de 205 km/h y rachas de 250 km/h. Durante el resto de este día, el centro de Isidoro se desplazó sobre tierra con rumbo suroeste, afectando con fuerte intensidad a toda la península de Yucatán, con daños catastróficos sobre los estados de Yucatán y Campeche.
El día 23 por la mañana, en su avance sobre tierra hacia el Sur, cuando se encontraba sobre Muna entre los límites entre los Estados de Yucatán y Campeche, el huracán Isidoro se degradó a categoría 1 con vientos máximos sostenidos de 130 km/h y rachas de 155 km/h. y más tarde a tormenta tropical. Durante el resto del día el meteoro mantuvo una trayectoria errática moviéndose sobre la parte occidental de Yucatán.
Después de describir un rizo en sentido contrario a las manecillas del reloj, sobre el Occidente del estado de Yucatán, el día 24 por la mañana, la tormenta tropical Isidoro retornó al mar, localizándose a 55 km al Norte de Puerto Progreso, con vientos máximos sostenidos de 85 km/h, rachas de 100 km/h y presión mínima de 987 hPa.
Durante los días 24 y 25, la tormenta tropical Isidoro siguió una trayectoria con rumbo predominante hacia el Norte, cruzando durante estos dos días el golfo de México, hasta acercarse frente a las costas de Luisiana y Misisipí, EE. UU.; en las últimas horas del día 25, se localizó a 200 km al sur de Nueva Orleans, Luisiana, con vientos máximos sostenidos de 100 km/h.
En la madrugada del día 26, el centro de Isidoro se localizó en territorio de los Estados Unidos, a 32 km al Suroeste de Nueva Orleans, Luisiana, aún con vientos máximos sostenidos de 100 km/h. Finalmente, por la tarde de este mismo día, cuando se encontraba a 90 km al Nor-Noreste de Jackson, Misisipí, EE.UU., la tormenta tropical Isidoro se degradó a depresión tropical, con vientos máximos de 55 km/h, iniciando su proceso de disipación.